三地政府較早前已同意注資人民幣157.3億作為港珠澳大橋主體資本金,其餘的建設費則透過貸款進行融資,三方按照早前的共識,各自承擔其境內的口岸及連接線的建設。在此基礎上, 三方更進一步同意共同承擔大橋主體的建設,其中中央決定出資投入項目建設,連同廣東省的出資,內地合共出資70億元人民幣。香港方出資67.5億元人民幣,而澳門則出資19.8億元人民幣。三地的出資額合共157.3億元人民幣,資本金分攤比例為:內地佔44.5%、香港佔42.91%、澳門佔12.59%。目前,港珠澳大橋珠澳人工島澳門口岸的工程亦進入有關大樓的上蓋結構工程,三地將按訂定目標推進工程。