A estrutura principal da Linha Hengqin do Metro Ligeiro, com um comprimento total de cerca de 2,2 quilómetros e o troço em túnel de cerca de 900 metros, é composta por um viaduto, um túnel subaquático e duas estações, sendo a Estação do Lótus da actual Linha da Taipa encontra-se situada ao lado da Ponte Flor de Lótus e a Estação de Hengqin encontra-se localizada no piso subterrâneo no Posto Fronteiriço Hengqin. Começando pela estação elevada a Estação do Lótus da actual Linha da Taipa encontra-se situada ao lado, circulando ao longo em direcção da Ponte Flor de Lótus, por um túnel subaquático que atravessa o Canal de Shizimen e entra em Hengqin de Zhuhai, terminando até à Estação de Hengqin encontra-se localizada no piso subterrâneo do Posto Fronteiriço Hengqin.

Desde o projecto de planeamento inicial até à fase de construção, a Linha de Hengqin é composta por duas estações, e não há projecto de extensão.