Em harmonia com o desenvolvimento da Zona de Macau do Parque Industrial Transfronteiriço e das imediações da Ilha Verde, deu-se início em princípio de 2006 à construção da ETAR do Parque Industrial Transfronteiriço de Macau, contíguo ao parque de estacionamento das instalações dos Serviços de Alfândega instalados no Parque Industrial Transfronteiriço, e que ocupa uma área de aproximadamente 5.400 m2, com capacidade para o tratamento diário de 12.000 m3 de água residual, projectado segundo o grau A do nível 1 da directiva nacional relativamente ao tratamento e descargas de águas residuais urbanas e suburbanas.

A tecnologia de ponta, com base no filtro microbiológico, utilizada pela ETAR do Parque Industrial Transfronteiriço de Macau, compreende num total de 4 linhas de tratamento biológico. Na fase de pré-tratamento, a água residual é sujeita ao processo de separação de sólidos por gradagem, composto por grades grossas e grades finas, desarenamento nas caixas de areia e desengorduramento nas caixas de gordura, seguindo depois para decantação nos chamados reactores biológicos. E antes de ser despejadas para o meio ambiente receptor é ainda por fim sujeita ao tratamento do tipo filtro biológico.

As instalações da ETAR do Parque Industrial Transfronteiriço de Macau são todas fechadas hermeticamente e equipadas com sistema de tratamento de odores, com vista a garantir assim que não venha isto ter impacto nas imediações das instalações do ETAR. E o lodo resultante do tratamento de águas residuais, depois de desidratado, é encaminhado para incineração na ETAR da Península de Macau.